A autofagia é um processo celular crítico que envolve a decomposição e a digestão de componentes intracelulares pelo lisossoma. Este processo não só permite às células mobilizar e reciclar eficazmente os constituintes celulares, como também evita a acumulação de organelos danificados, proteínas mal dobradas e microrganismos invasores. A autofagia é um processo com várias etapas que começa com o sequestro de organelos e proteínas citoplasmáticas. Estes componentes celulares são sequestrados por uma membrana dupla, formando um autofagossoma.
A relação entre a autofagia e a apoptose é complexa. Ambas as vias partilham estímulos e componentes comuns, e podem regular a atividade da outra. No entanto, os factores e mecanismos específicos que ditam a escolha entre a autofagia e a apoptose permanecem pouco claros.
A fim de medir a autofagia e a citotoxicidade, podem ser utilizados kits que utilizam a monodansilcadaverina (MDC), um composto fluorescente que é incorporado em corpos multilamelares através de um mecanismo de captura de iões e da interação com lípidos de membrana, como sonda para a deteção de vacúolos autofágicos em células em cultura. O iodeto de propídio é utilizado como marcador de morte celular.