Eletroforese e blotting

A eletroforese é uma técnica de separação de partículas eletricamente carregadas, sendo por isso chamada uma técnica de separação. A separação é feita por migração diferencial sob a ação de um campo elétrico. A distância percorrida e a velocidade de migração dependem das características da molécula, como o seu tamanho, geometria ou carga eléctrica. Para a migração, é utilizada uma matriz que é um suporte para guiar e abrandar a migração das moléculas, de modo a melhorar a sua separação. Na maioria das vezes, esta matriz é um gel que pode ter diferentes composições consoante as moléculas a separar (agarose para os ácidos nucleicos ou poliacrilamida para as proteínas, por exemplo).  A escolha do suporte depende da natureza das moléculas a identificar. Por exemplo, moléculas muito pequenas num gel com poros demasiado grandes não serão suficientemente retardadas e, por conseguinte, serão mal identificadas. Inversamente, as moléculas grandes numa rede demasiado fina serão completamente bloqueadas. Em geral, a agarose é utilizada para moléculas grandes, por exemplo, para separar ADN e ARN. A acrilamida e a bisacrilamida formam malhas muito mais finas, pelo que são adequadas para separar moléculas de menor peso molecular, como as proteínas.